Absolvent Pražské kozervatoře, obor skladba (1986), skladatel, klavírista, básník a organizátor, po ukončení studií hrál se skupinou Balet a Orchestrem čs. Televize, poté žil dva roky v Německu (1990-2). Po návratu do Čech účinkoval v muzikálech Pippin (1993, dirigent), Jesus Christ Superstar (klavírista 1994-7), Jeptišky (1998, dirigent), Benzín a mejkap (1999, producent), Starci na chmelu (2000, hudební nastudování). V roce 1998 založil s Janem Karezem agenturu Pagat Ultimo Musical Productions, s.r.o., která zajišťuje jeho vystoupení, projekty a vydavatelské počiny. Souběžně se věnoval řízení časopisu Obratník spolu s Romanem Polákem a vydal několik knih básní - Zavři oči a sni, almanach Přetržená nit, Zpěv rozpáleného kamene a další. Tato činnost vyústila později v dramaturgii Poetické kavárny Obratník, kde měl také kabaretní pořad Ubrousek básníků, nebo kde uvedl aktovku Gerojši. Také rok učil na Pražské konzervatoři a založil Festival autorského šansonu, který od r. 2004 existoval sedm let.

Zlomem v Zahradníkově kariéře byla spolupráce se zpěvačkou Pavlou Kapitánovou, pro kterou prakticky výhradně psal písně. Jejich spolupráce započala v roce 2000 a skončila tragickou nehodou zpěvačky v létě 2007. Jejich autorský šansonový program Život sám, s nímž účinkovali v ČR, Německu a Španělsku je zachycen na několika CD - Život sám, Alchymie života, Pouť přes vyhnanství, Dvakrát o lásce a v knize textů Ztepilé viržinko. Po smrti Kapitánové Zahradník natočil dvojalbum sólových klavírních improvizací s názvem Listen... a vydal knihu-CD o klavírech s názvem Forte nebo Piano? Od roku 2009 se prezentoval s vlastní skupinou v programu Hudba jedna báseň. Členy jeho skupiny byli Lenka Molová (vo), později nahrazená Alenkou Průchovou a Zuzou Ďurdinovou, Robert Fischmann (fl, ds) a Charlie Slavík (harmonika). Píseň z jejich repertoáru Tam, kde studený je pramen, byla druhou nejhranější na Radiu Proglas v roce 2010. Toto období bylo završeno albem Koncert v Betlémské kapli. Z dalších hudebních projektů jmenujme dva anglické cykly písní Five Sea Songs a The Melly-Belly Songs na básně Katriny Porteous a Keitha Armstronga. Jakub Zahradník vystupuje také sólově v ČR a zahraničí.

V roce 2010 vstoupil Jakub Zahradník do oblasti vážné hudby, když složil mši pro sbor s názvem Missa Egrensis, v následujících letech přidal další skladby podobného typu - madrigaly Otazníky pro dětský sbor, fantazii Propadliště času pro harfu a smyčcový kvintet, kantátu Živlové pro dva dětské herce a sbor, melodram "Pohádka" a další. Tyto skladby byly provedeny souhrnně na koncertě k jeho padesátinám v Anežském klášteře v Praze (2014) a z tohoto koncertu vyšlo CD s názvem Je jen jedna hudba. Na tomto koncertu zazněly i skladby ze zamýšleného hudebně-divadelního kusu Příběh i Ryšavého Hanrahana na motivy W. B. Yeatse.