Jiří Zahajský se narodil ve Mšeně u Mělníka. Už jako dítě projevoval sklony k herectví, když hrál v ochotnickém představení Sněhurka trpaslíka Šmudlu. Po válce se rodina Zahajských přestěhovala do Děčína. Už jako student tam hrál v tehdy velmi kvalitním souboru ochotníků pod vedením režiséra Hipia. Ten rozpoznal Zahajského talent a vyjednal mu zkoušky ke studiu u E. F. Buriana. Zahajský poté vystudoval ještě herectví na DAMU a stal se členem Vinohradského divadla.

V roce 1965 se Zahajský stal členem Divadla za branou, kde hrál společně s Vladimírem Menšíkem např. ve hře Maškary z Ostende. V roce 1972 bylo administrativně Divadlo za branou zrušeno a Zahajský společně s Libuší Šafránkovou odešli do Činoherního klubu. Jeho kolegy byli mj. Petr Čepek, Jiřina Třebická, Josef Somr, Jiří Kodet, Jiří Hrzán a další.

Jiří Zahajský ve filmu a v televizi vytvářel především drobné postavy. Nezapomenutelná je jeho postava komisaře Trachty z komedie Rozpuštěný a vypuštěný. Vytvořil několik rolí kriminalistů, jeho plnovous mu dal příležitost k ztvárnění rolí hajných, hrál i v rolích otců (TV seriál Létající Čestmír). Tatínky hrál i v celé řadě televizních pohádek především v 80. letech.

Jiří Zahajský byl po 31 let životním partnerem televizní hlasatelky Kamily Moučkové, od roku 1992 byl čtvrtým manželem herečky Jany Brejchové. Jiří Zahajský zemřel v Praze po dlouhém boji s rakovinou prostaty 19. července 2007.