Ondřej Trojan se narodil v roce 1959 v Praze. V letech 1985-1991 studoval Pražskou filmovou akademii a ihned poté debutoval jako režisér filmem PĚJME PÍSEŇ DOHOLA, se kterým se představil na festivalech jak v České republice tak v zahraničí a poprvé se v něm objevila úspěšná mladá herečka Anna Geislerová. Jako herec a režisér působil v divadle Sklep. Také režíroval např. adaptaci hry Václava Havla HISTORKY OD KRBU (1993).

V roce 1992 natočil pro Českou televizi dvoudílný film PENSION. V tomtéž roce založil Ondřej Trojan spolu se svými kolegy ze Sklepu Tomášem Hanákem a Jiřím. F. Burdem filmovou a televizní produkční společnost Total HelpArt T.H.A.Tato společnost se producentsky i výrobně podílela na filmech PELÍŠKY (1999), MUSÍME SI POMÁHAT (2000), CESTA Z MĚSTA, PUPENDO (2003), ŽELARY (2003) nebo HOREM PÁDEM (2004).

Total HelpArt T.H.A. je společnost, která se zabývá výrobou a distribucí audiovizuálních děl, agenturním a produkčním servisem pro divadlo Sklep a také organizační a obchodní činností. V této společnosti vytvořili též několik dokumentárních a krátkometrážních hraných filmů.

Ondřej Trojan režíroval v roce 2003 svůj druhý celovečerní film z období války ŽELARY, který získal mnoho ocenění. V Holywoodu byl mezi pěti zahraničními filmy nominovanými na Oskara. Na Českého lva byl nominován v jedenácti kategoriích, mj. Nejlepší režie a scénář. Herečka Anna Geislerová obdržela za roli studentky Elišky Českého lva za nejlepší Ženský herecký výkon v hlavní roli. V tomto filmu si zahrál také bratr Ondřeje Trojana, Ivan Trojan, který se zde objevil v roli Richarda.

Ondřej Trojan si zahrál např. ve filmech CESTA Z MĚSTA (2000), ŽELARY (2003) nebo SKŘÍTEK (2005). Otec Ondřeje Trojana, Ladislav Trojan se také věnuje herectví.